Le premier numéro parut le dimanche 6 août 1865. Ce journal
hebdomadaire servit d'organe à un mouvement philosophique qui partait
des loges maçonniques
et qui avait pour but d'opposer la morale humaine, progressive, à la
morale théologique et ascétique. De 1865 à 1867, Brisson y publia,
outre ses articles de polémique courante, de nombreux articles
philosophiques et littéraires. Cette publication eut un succès
suffisant pour que le Père Hyacinthe, qui prêchait alors à Notre-Dame, consacra ses conférences de l'Avent 1865-1866, à combattre les doctrines de la Morale Indépendante.

À partir de cette période, son engagement politique, manifeste déjà depuis de nombreuses années, s'intensifia. Le 1^er février 1866, il entra à la Revue Nationale et étrangère, fondée par l'éditeur Gervais Charpentier, revue libérale et littéraire où collaboraient Édouard Laboulaye, Pierre Lanfrey, Eugène Despois, etc. Brisson y publia divers articles contre la Prusse et, ce fut lui qui fut chargé de la chronique politique quand la Revue Nationale devint hebdomadaire. Il multiplia ses articles politiques dans l'Almanach de la Coopération (par exemple La Tyrannie au village ou N'oublions pas la politique) et dans le Siècle, préfaça l'ouvrage l'Angleterre et ses institutions, et, en 1868, participa à la fondation de la Revue politique et littéraire avec Gambetta, Challemel-Lacour, Allain-Targé, Clément Laurier, etc. Il écrivit des articles sur Dufaure, sur la France Nouvelle, ouvrage de Prévost-Paradol, qui y défend le gouvernement parlementaire, sur la Révolution, sur le salaire des cultes, sur la souscription Baudin.
Ce dernier article lui valut de passer au tribunal. Étant avocat, il se
défendit seul, mais fut condamné. Ce fut ce procès et cette
condamnation qui le lançèrent définitivement dans la politique
militante.